O PPGEST faz parte do sistema CAPES e dispõe atualmente de quantidade limitada de bolsas de Mestrado e Doutorado da CAPES e do CNPq. Os quantitativos de bolsas disponíveis são estipulados por esses órgãos de fomento no início de cada ano letivo e elas são distribuídas de acordo com os critérios definidos a partir das normas da CAPES e da PROPPI/UFF e estabelecidos pelo Colegiado e pela Comissão de Bolsas do PPGEST, sendo os principais: a) ordem de classificação no processo seletivo para cada turma específica; e b) ingresso através de ações afirmativas.

As bolsas são distribuídas prioritariamente para estudantes sem vínculo empregatício ou com vínculo empregatício que estejam liberados das atividades profissionais e sem recebimento de vencimentos, com dedicação exclusiva às atividades do Programa. Discentes bolsistas de Mestrado devem obrigatoriamente fazer um semestre de Estágio Docência  na graduação em Relações Internacionais da UFF e os/as de Doutorado, dois semestres. Os/as mestrandos/as e doutorandos/as bolsistas não podem ter nenhuma reprovação em qualquer disciplina/atividade ao longo do curso. Caso isto ocorra, a bolsa será imediatamente suspensa.